El tomillo se toma por vía oral para la bronquitis, la tos ferina, el dolor de garganta, el cólico, la artritis, el malestar estomacal, el dolor de estómago (gastritis), la diarrea, la enuresis nocturna, un trastorno del movimiento en los niños (dispraxia), los gases intestinales (flatulencia), las infecciones por parásitos y los trastornos cutáneos. También se utiliza para aumentar el flujo de orina (como diurético), para desinfectar la orina y como estimulante del apetito.